Hakuaika toisen asteen tai toiselle asteelle siirtyville opiskelijoille on 1.1. – 31.3. Mikäli opiskelupaikkaa akatemiaoppilaitoksessa ei vielä hakuhetkellä ole, hakulomakkeen kohtaan ”oppilaitos” kirjoitetaan sen oppilaitoksen tiedot, johon ollaan hakemassa.

Hakemukset käsitellään sovittujen valintakriteereiden (valtakunnalliset 2. asteen urheiluoppialitosten valintakriteerit) lajiliittopisteytyksen tai lajiliittopisteytys-/valintakoetapahtumien pohjalta. Urheiluakatemia tekee valintapäätökset kuitenkin itsenäisesti valmennuspäällikön johdolla.

Kuluvalla lukuvuodella akatemiassa mukana olevat 9-luokkalaiset eivät ole automaattisesti mukana akatemiassa seuraavana lukuvuotena, vaan he hakevat uudestaan akatemiaan normaalin hakumenettelyn kautta siirtyessään toiselle asteelle.