Hakuaika toisen asteen tai toiselle asteelle siirtyville opiskelijoille on 1.1. – 20.3. (klo 16.00). Mikäli opiskelupaikkaa akatemiaoppilaitoksessa ei vielä hakuhetkellä ole, hakulomakkeen kohtaan ”oppilaitos” kirjoitetaan ne oppilaitosten tiedot, johon ollaan yhteishaussa hakemassa.

Hakemukset käsitellään sovittujen valintakriteereiden (valtakunnalliset 2. asteen urheiluoppialitosten valintakriteerit) lajiliittopisteytyksen tai lajiliittopisteytys-/valintakoetapahtumien pohjalta. Urheiluakatemia tekee valintapäätökset itsenäisesti valmennuspäällikön johdolla.

Kuluvalla lukuvuodella akatemiassa mukana olevat 9-luokkalaiset eivät ole automaattisesti mukana akatemiassa seuraavana lukuvuotena, vaan he hakevat uudestaan akatemiaan normaalin hakumenettelyn kautta siirtyessään toiselle asteelle.

Toisella asteella opiskelevien akatemiaurheilijastatus on voimassa niin kauan, kun urheilija itse ilmoittaa jäävänsä pois Urheiluakatemiasta ellei jotain muuta yksittäistä syytä (sääntöjen rikkominen, koulun suositus tms.) akatemiastatuksen päättymiseen ole.